史料记载，深圳大鹏东山寺始建于明朝洪武二七（公元1394年）年，一代风水大师赖布衣云游大鹏湾，路经东山龙头石山，发现该地有紫霞光，此乃吉祥之光，便告诉当地村民，此为胜地，在此建一座庙宇，可保一方平安，于是建成了东山寺。
山寺位于深圳市龙岗区大鹏街道办鹏城村东面，背山面海。这里有一座山叫龙头石山，又名“鹫峰”。山脉逶迤起伏，海拔一百多米，山脊无树木，常年不生草，光秃发亮，形态酷似巨龙，龙身约八百多米，南北而卧昂首大亚湾。龙头是一座花岗岩石群，叫做“龙头石”。相传古时有一只巨形大鹏鸟降落此石造化，因此而叫“鹫峰”。东山寺就建在“鹫峰”南侧山腰上。大鹏城也由于大鹏鸟降落而获此美称。
东山寺于清代咸丰四年（1854年）重修过一次，修建后的东山寺依山势从低到高分成四进，前后进之间有天井隔开，第一进为前门，门前有十一级台阶，门上对联为：山接鹏城尘不染，脉分鹫领地遍灵。横额为：东山古刹。东侧有禅房、客厅，西侧有厢房。客厅联云：客至莫嫌茶味淡，僧居不比世情浓，横额为：佛缘。厨房对联为：有时老菜和根煮，无日生柴带叶烧。横额为：美味可口。可见当年山寺住持、僧侣生活之简朴，处事清廉以及对客旅行人之寄语，第二进为“关帝殿”，中间有“关帝”神像一尊，左为玄坛殿，右为黄大仙殿，后有韦陀菩萨塑像，雄钟，大鼓等。等三进为“大雄宝殿”，设有“三宝佛”、“十八罗汉”。十八罗汉或坐或立或作降龙伏虎状，栩栩如生。左设有“医灵殿”。第四进为“观音堂”、“文昌殿”、“北帝殿”、“魁星殿”、“财神殿”等殿阁。东山寺周围林绿水秀，景色宜人。明代秀才王德昌重游东山寺时，即兴题下《大鹏东山寺》七律一首：“不到东山二十秋，西风藜杖又重游，烟霞有约山如书，岁月无私人白头。檐下花飞深院静，菩提树阴古坛幽，丹梯欲上应长啸，遥望汪洋天际浮。”（此诗于康熙年间录于《新安县志》）
东山寺下有口山泉，取名“龙井”。大鹏龙井水便产于此，胜过桂林“龙井泉”，驰名中外。当年英国香港设在沙鱼涌，南澳海关官员经常派人步行近十里路，到此挑回龙井水饮用。大鹏龙井水之所以出名，不仅因为水之清甜、清凉、优质，而且挑回家放在缸内，年长月久，水之品味不变，属天然优质矿泉水，且常年流水不断。
上世纪五十年代，东山寺遭到严重破坏，几乎砖瓦不存。1992年，在祖国改革开放的大好形势下，鹏城被确定为旅游胜地。大鹏镇当地群众，香港同胞和其他海外人士，根据回忆和保存下来的资料，群策群力，在原旧址上重建东山寺。使东山寺钟鼓得以重鸣。东山寺风景优美，鲜果迷人：“春有香梅桃李，夏有龙眼荔枝，秋有红柿鲜柚，冬有橘果甘甜。”是东山寺奇特风光真实写照。
2005年，应当地政府领导和周边信众邀请，南华寺方丈传正大和尚接管东山寺并把东山寺申报为合法的宗教活动场所，并得到各级宗教局领导的支持，批准东山寺进行改造。
多年来，东山寺在各级政府领导和广大信众的关心和支持下，以传正大和尚和当家法师法清为首的常住僧人，以弘扬爱国爱教，利乐有情为宗旨，广结善缘，募集资金，精心策划，使东山寺改造工作得到顺利进行，并使庙宇焕然一新，得到各级领导和广大信众的肯定和赞叹，成为深圳市大鹏新区的一处礼佛、修心、休闲、旅游的好去处。
改造后的东山寺分三进，即以浴佛池、天王殿、大雄宝殿、藏经楼为中轴心；两旁为观音阁和地藏阁，并配以僧舍、客房等；大山门、六祖讲堂、图书馆也在规划筹建中。为了更好弘扬中华传统文化，东山寺聘请能工巧匠，精雕细琢，把寺院装饰得美轮美奂、庄严宏伟，该寺采用明清风格装修，尤其是主体大雄宝殿，选材更是匠心别具，大殿为纯木结构，全部采用从缅甸进口的波罗格木材，整个大殿没有使用过一颗铁钉，纯粹木结构衔接，屋顶则采用宜兴定制的紫砂瓦，地面青砖则专门从江西鉴州定制。大殿两侧的500泥塑罗汉，仿自韶关南华寺，采用潮州陶泥，纯手工制作，惟妙惟肖，整个殿堂既讲整体，也究细节，简直就是中华民间工艺的博物馆。而传正大和尚为大殿撰写的对联：“水天一色潮音深处有玄机如何是汝真面目，佛门广大钟声悠扬无今古悟彻忘吾妙觉心。”更为东山寺增添了无限的佛教文化内涵。
传续祖业，正护道场，相信在党的宗教政策的指引下，在以传正大和尚为首和广大信众的护持下，东山寺必将焕发新的光彩，为服务和谐社会做出新的更大贡献。■